Cualquier usuario que descargue alguno de estos MODs no va a encontrar grandes diferencias respecto al otro. Las funciones que prestan los dos son muy similares, reduciendo sus diferencias principalmente a cuestiones estéticas.
Interfaz y personalización
La interfaz de ambas apps es prácticamente idéntica, salvo el diseño de ciertos iconos y el menú de ajustes. Es allí donde la interfaz cambia más, pero solo a nivel estético y de organización de los menús, puesto que las funciones como veremos después son también prácticamente las mismas.

Como todos los MODs de WhatsApp, también los dos echan mano del mismo repositorio de skins disponibles, con algo más de 4000 opciones creadas y compartidas por la comunidad de usuarios.

Los ajustes concretos sobre la interfaz que es posible hacer son muy similares. Colores universales, de las barras de herramientas, del widget… Los estilos de las notificaciones y el icono del launcher quizás sean de las pocas diferencias, pues es verdad que "FM" tiene unas cuantas más en los dos casos ofreciendo mayor variedad al usuario.

Funciones
Mensajes, llamadas y status son funciones presentes en ambos MODs como no podría ser de otra forma. También ambos pueden funcionar en conjunto con otros MODs o con la app oficial para chatear desde un segundo número de teléfono operativo, abriendo la puerta a usar dos cuentas de WhatsApp de forma simultánea en el mismo móvil.

Autor
FMWhatsApp y WhatsApp Plus APK parten del mismo origen, la versión oficial del cliente, pero han sido desarrollados por personas diferentes. Es común en el mundo de los MODs que un mismo desarrollador tenga varias apps del mismo estilo que comparten aspecto y funciones más allá de un cambio de nombre o de logo. Sin embargo en estos dos casos estamos ante apps creadas por diferentes personas.

FM son las siglas de Fouad Mokdad, el creador de FMWhatsApp. WhatsApp Plus por su parte está creado por AlexMods, otro popular desarrollador de MODs. A efectos prácticos las diferencias son pocas, si acaso las diferentes vías de contacto que ofrecen uno y otro a sus usuarios, pero es un hecho que ambas apps se diferencian a través de sus diferentes responsables.
Privacidad y seguridad
¿Ocultar el doble check azul? Está en las dos apps. ¿Ocultar nuestra última hora de conexión? También. ¿Espiar los status de los contactos sin que se enteren, o ver esas historias borradas? Pan comido. En materia de seguridad todos los MODs tratan de implementar el máximo de opciones posibles ya que son su gran reclamo frente al cliente oficial. Tanto FMWhatsApp como WhatsApp Plus incluyen estas opciones.

También ambos tienen la función para bloquear los chats mediante distintos métodos, como números PIN o un patrón de teclado.

Multimedia
Respecto a los archivos multimedia compatibles, su tamaño y demás opciones relacionadas nada muy destacable ya que como imaginarás las dos apps permiten hacer prácticamente lo mismo. El apartado multimedia no debería importar al elegir entre uno y otro.

¿Con cuál quedarse? En nuestra opción con FMWhatsApp por ofrecer algunas opciones más de personalización. En cualquier caso las diferencias en la práctica son casi inexistentes incluso a la hora de hablar de los problemas y fallos, pues con ambos corres el riesgo de que te baneen la cuenta por usar una app no oficial y ninguno de ellos permite guardar las copias de seguridad en Google Drive, solo es posible hacerlo en local gestionándolas después de forma manual. Cualquiera de los dos te aportará ventajas sobre el cliente oficial y riesgos.