Si comparamos WhatsApp Plus y GBWhatsApp prácticamente no encontraremos diferencias entre ellos, por lo que elegir entre uno y otro dependerá de factores muy personales. Ambos permiten hacer todo lo que es posible hacer con WhatsApp Messenger, además de ofrecer opciones adicionales que no están presentes en la versión oficial del cliente de mensajería. Y respecto a estas funciones adicionales, también cuentan prácticamente con las mismas.
Semejanzas
A nivel de interfaz el aspecto de ambas apps es idéntico. Las dos se organizan en torno a 3 pestañas situadas en la parte superior dedicadas a los chats, los estados y las llamadas o videollamadas.

El aspecto del menú de opciones también es similar, si bien simplemente cambia el nombre de la app en la parte superior. Y las opciones en sí que hay en su interior también son las mismas. Ambos tienen idénticas opciones de privacidad que permiten mostrar o no si estamos conectados y en línea, ocultar la hora de la última conexión sin renunciar a ver la de los demás, ocultar cuándo se está escribiendo un mensaje o desactivar el doble check azul que indica que un mensaje ha sido leído por poner algunos ejemplos. Lo mismo ocurre con las opciones de seguridad, donde es posible bloquear el acceso mediante diferentes métodos u ocultar conversaciones.

Podríamos enumerar infinitamente las opciones que ofrecen en materia de personalización de interfaz y también comprobaríamos que son las mismas. Como ejemplo el repositorio de temas visuales que ofrecen, el mismo en ambos casos.

¿Quizás haya variaciones en la interfaz de la cámara? Mucho nos tememos que tampoco hay nada reseñable en este aspecto, exactamente la misma interfaz, las mismas funciones, los mismos iconos… Un calco una de la otra.

Y un último punto en común: no puedes descargar WhatsApp Plus ni GBWhatsApp en Google Play Store porque son apps no autorizadas.
Queda claro que ambas están mantenidas actualmente por la misma persona, el usuario AlexMods, y eso se transmite tanto al aspecto como al funcionamiento. Son clones al 99%.
Diferencias
La mayor y casi única diferencia está al usar dos cuentas de WhatsApp en un mismo teléfono: WhatsApp Plus solo permite utilizar dos cuentas de WhatsApp en el mismo teléfono si usas dos MODs: si tratas de instalar la app oficial y WhatsApp Plus no podrás hacerlo.
GBWhatsApp en cambio sí se puede instalar en el mismo teléfono en el que haya instalado un WhatsApp Messenger. Si te interesa esta función lo normal será elegir GBWhatsApp a no ser que estés dispuesto a usar dos MODs. Ahora bien, en cualquiera de los casos necesitarás dos tarjetas SIM operativas, ya sea en dos teléfonos o en uno que ofrezca Dual-Sim.
Otra diferencia está en su origen. Pese a que hoy por hoy ambas son mantenidas por el usuario ruso AlexMods, WhatsApp Plus fue originalmente creada por otro usuario español, Rafalense, en el año 2012. Sin embargo abandonó su proyecto hace años. GBWhatsApp por su parte es una app con menos recorrido a sus espaldas, sus primeros reportes datan del año 2018. En cualquier caso, hoy en día AlexMods se encarga de ambos desarrollos.
¿Cuál de los dos escoger? Tomamos partido por GBWhatsApp por el simple hecho de que puede coexistir con WhatsApp Messenger y por tanto da una opción extra al usuario, pero las diferencias entre uno y otro como has visto son mínimas o directamente ninguna.